這里就要先講講什么是堆肥化？堆肥化是微生物氧化降解混合有機物質的過程。這個放熱過程產生了相當大的能量，只有40%～50%的能量可以被微生物用來合成ATP，剩余的能量都以熱的形式損失。大量的熱造成了堆肥體中溫度的上升，甚至可能達到70～90℃，Finstein稱這種現象為“微生物自殺”。事實上，高溫限制了微生物生長并降低了有機質的降解速率。只有一少部分嗜熱細菌可以在超過70℃的溫度下繼續進行微生物活動。為了得到高降解速率和最大的生物多樣性，溫度必須處于30～45℃之間。在堆肥過程中，為了降低保留時間，可以設置一個溫度范圍為30～50℃的溫度反饋控制裝備，但設備投資成本相對高。

事實上，在堆肥過程中，不能完全排除高溫階段，因為這是減少植物病原體的重要時期。而且，在堆肥化過程的初期，高溫階段會持續一段時間，這時大量存在的易降解分子可以支持溫度達到70℃。

在通氣系統中，主要的排熱機理是冷卻蒸發（水的蒸發），這大約可以移除80%-90%的熱量。在這種系統中，傳導散熱的作用可能很小。此時可以借助牛糞有機肥翻拋機進行翻拋作業，促進有機肥料堆制過程中水分蒸發，以及有益微生物菌的快速繁殖。